NVIDIA и партнёры открыли базу 3D-структур белков более 2 800 вирусов

NVIDIA совместно с Google DeepMind, EMBL-EBI и другими организациями опубликовала в открытом доступе предсказанные 3D-структуры белковых комплексов более 2 800 вирусов — данные доступны через базу AlphaFold и призваны помочь подготовиться к будущим пандемиям.

В открытый датасет вошли структуры, полученные с помощью модели AlphaFold 2, оптимизированной для GPU-ускорителей NVIDIA через BioNeMo Inference Runtime. По словам участников проекта, около 30% опубликованных белковых взаимодействий ранее не были описаны в Protein Data Bank.

Параллельно NVIDIA открыла исходный конвейер BioNeMo Structure Prediction Pipeline, позволяющий исследователям самостоятельно получать 3D-структуры белков из их последовательностей.

В проекте также участвовали Coalition for Epidemic Preparedness Innovations, Сеульский национальный университет, Университет Сонгюнгван, Швейцарский институт биоинформатики и Университет Глазго. Сейчас база AlphaFold содержит более 260 млн предсказаний структур белков и их комплексов.

Учёные подчёркивают, что традиционные методы — рентгеноструктурный анализ кристаллов белков — могут занимать годы и стоить тысячи долларов на одну структуру, тогда как AlphaFold 2 на оптимизированной инфраструктуре NVIDIA предсказывает структуру за минуты и допускает массовый запуск.